Japonia to archipelag wysp i wysepek ciągnących się wzdłuż wschodnich wybrzeży Azji i tworzących łuk długości 2990 km (Japończycy utrzymują, że ich kraj ma kształt „trzydniowego Księżyca”). Liczne półwyspy i zatoki sprawiają, że linia brzegowa jest bardzo dobrze rozwinięta, a jej długość wynosi 29 751 km. Na południowym zachodzie, poprzez Morze Wschodniochińskie, Japonia graniczy z Chinami, na zachodzie Morze Japońskie oddziela kraj od obu Korei oraz Rosji. Na północy cieśnina Sōya (La Perouse’a) oddziela Japonię od rosyjskiej wyspy Sachalin, a cieśnina Nemuro (Kunaszyrska) od Wysp Kurylskich, których południowa część stanowi terytorium sporne z Rosją. Od wschodu i południa kraj oblewają wody Oceanu Spokojnego, a wzdłuż wybrzeży ciągnie się głęboki Rów Japoński (rów tektoniczny).
~ Ukształtowanie powierzchni ~
W krajobrazie Japonii dominują góry i wyżyny, zajmujące około 90% obszaru, w tym 10% to góry wysokie. Wyspy Japońskie stanowią bowiem nawodną część
potężnego łańcucha górskiego, który wznosi się z dna oceanu na wysokość 12 000 m. W żadnej części kraju niziny stanowiące ok. 10% powierzchni nie są na
tyle duże, aby sięgały po horyzont.
Najbardziej wysunięta na północ, rozległa wyspa Hokkaido poprzecinana jest pasmami górskimi: Kitami na północy, Hidaka na południowym wschodzie i
Teshio na północnym zachodzie, które mają przebieg południkowy. W centrum wyspy znajduje się wulkaniczny masyw gór Ishikari z najwyższym szczytem Asahi
(2291 m n.p.m.), a także mniejsze pasmo Yūbari. Góry Teshio od pozostałych rozdziela dolina aluwialna rzeki Ishikari (268 km) – trzeciego najdłuższego cieku Japonii.
Otaczająca jej ujście nizina jest skupiskiem większości mieszkańców wyspy z największym miastem – Sapporo. Większe obszary nizinne zajmują ponadto zachodnią część Hokkaido,
a na północnym wschodzie w głąb Morza Ochockiego wcina się górzysty półwysep Shiretoko. Natomiast południowo-zachodnią część stanowią półwyspy: Shakotan i Ōshima.
Cieśnina Tsugaru (szer. 19,5 km) oddziela Hokkaido od największej wyspy archipelagu – Honsiu, zajmującej 61% powierzchni kraju. W jej północnej
części zwanej Tōhoku, której początek wyznaczają półwyspy Shimokita i Tsugaru, przebiegają południkowo wzdłuż poszarpanego, klifowego wybrzeża wschodniego
góry Kitakami, a przez środek tego regionu góry Ōu. Oba pasma rozdzielone są nizinną doliną uchodzącej do Pacyfiku rzeki Kitakami, w której południowej części znajduje
się Sendai, główne miasto regionu Tōhoku.
Pośród nadbrzeżnych nizin północno-zachodniego wybrzeża Honsiu, nieopodal półwyspu Oga, znajduje się najniżej położony punkt Japonii, tj.
kryptodepresja jeziora Hachirogata (4 m p.p.m.). Dalej na południe dolina rzeki Mogami oddziela Ōu od biegnącego równolegle do zachodniego wybrzeża pasma
górskiego Echigo, które z kolei przechodzi w zajmujące wnętrze wyspy rozległe góry Mikuni. Na wschód od nich wzdłuż wybrzeża Pacyfiku biegnie pasmo Abukuma.
~ Budowa Geologiczna ~
Budowa geologiczna Wysp Japońskich jest bardzo skomplikowana. Występują tu fragmenty starej skorupy kontynentalnej wieku prekambryjskiego, obszary zbudowane ze skał paleozoicznych, mezozoicznych i kenozoicznych z dużą ilością skał wulkanicznych powstałych od miocenu do dnia dzisiejszego. Od kontynentu azjatyckiego Wyspy Japońskie oddziela Morze Wschodniochińskie, którego podłoże zbudowane jest ze skorupy oceanicznej wieku mioceńskiego.
~ Sejsmologia ~
Wyspy Japońskie leżą na styku czterech płyt tektonicznych: wielkiej eurazjatyckiej, północnoamerykańskiej, przemieszczającej się w kierunku zachodnim (ok. 10 cm rocznie)
płyty pacyficznej oraz mniejszej filipińskiej, z racji czego kraj nawiedzają częste trzęsienia ziemi i wybuchy wulkanów. Na wchodzącym w skład „ognistego pierścienia Pacyfiku”,
terytorium Japonii znajduje się około 80 czynnych wulkanów, spośród których największą aktywność wykazują te znajdujące się na Kiusiu, zwłaszcza Aso, Unzen i Sakurajima.
Występujące powszechnie wokół innych wulkanów gorące źródła, gejzery, stawy gorącego błota oraz wyziewy gazów i par
świadczą o tym, iż nie są one całkowicie wygasłe, a ich działalność wciąż stanowi poważne zagrożenie erupcją. Rocznie w Japonii rejestruje się od 1 do 3 tys.
wstrząsów o różnym nasileniu. Zdecydowana większość z nich jest na tyle słaba, że wykrywają je tylko czułe sejsmografy. Niektóre z nich, powyżej 7 stopni w skali
Richtera, są katastrofami, jak np. wielkie trzęsienie ziemi w Kantō w 1923 roku, które pochłonęło 143 tys. ofiar, czy też to,
które nawiedziło Kobe w 1995, zadając śmierć ponad 6 tys. osób i powodując przy tym ogromne zniszczenia, mimo zastosowania nowoczesnych technologii i materiałów.
Szczególnie narażona jest równina Kantō, gdzie wielkie trzęsienia ziemi zdarzają się mniej więcej co 70 lat. Natomiast podmorskie trzęsienia ziemi są przyczyną
powstawania wysokich do 50 m fal morskich tsunami, które uderzając o wybrzeże z prędkością 750 km/h są w stanie wyrzucić na brzeg pełnomorski statek i dokonać
znacznych zniszczeń. Tak było w 1495 roku, kiedy tsunami zniszczyło większą część Kamakury, a w 1993 roku wyspę Okushiri u wybrzeży Hokkaido. 11 marca 2011 roku u
wschodnich wybrzeży północnej Japonii, o godz. 14:45 czasu miejscowego wystąpiło trzęsienie ziemi o sile 9 stopni w skali Richtera. Spowodowało ono falę tsunami,
która zalała ogromne obszary wokół miasta Sendai.